四個情同手足的神龜烏龜少年一直生活在人類城市隱秘的下水管道中，他們渴望成為這個城市的變種英雄，被人接受。大亂鬥在人類朋友愛普莉爾的神龜幫助下，四位忍者神龜開始追蹤一個神秘的變種犯罪集團，但隨著一支強大變種生物軍隊的大亂鬥降臨，同樣屬於變種生物的神龜忍者神龜們知道，變種這下大麻煩來瞭……